Başbuğ, 28 Ocak 2020 tarihinde katıldığı bir TV programında askerlerin sivil mahkemelerde yargılanmasının önünü açan yasa değişikliğinin arkasında FETÖ olduğunu iddia etmişti. Yasa teklifinin altında imzası bulunan 6 AK Partili milletvekili, Başbuğ hakkında suç duyurusunda bulunmuştu. Duruşmaya saatler kala dosyada katılan sıfatları bulunan Adalet Bakanı Bekir Bozdağ ile AK Partili Ahmet Aydın, Mustafa Elitaş, Abdurrahman Müfit Yetkin, Mehmet Ceylan ve Yahya Doğan şikâyetlerinden vazgeçtiklerini mahkemeye bildirdi.