Soruşturmanın tamamlanmasının ardından Mustafa Şanlı hakkında iddianame hazırlanarak dava açıldı. 'Çocuğun basit cinsel istismarı' suçlaması ile hazırlanan iddianamede Şanlı’nın önce otobüsteki başka bir kadın yolcuyu taciz ettiği, yolcunun kendisini 'git öteye' diyerek tepki gösterdiği, kız çocuğuna yöneldiği, cinsel organını gömleği ile kapatarak N.B.'ye istismarda bulunduğu, N.B.'nin omuz kısmında sperm örnekleri tespit edildiği belirtilerek, cezalandırılması istendi.
Mustafa Şanlı’nın Kocaeli Adliyesi 3. Ağır Ceza Mahkemesi’nde yargılanmasına başlandı. Duruşmada tutuklu sanık Mustafa Şanlı ile mağdur N.B., ailesi ve taraf avukatları ile sosyal hizmetler uzmanı hazır bulundu. Duruşmada ilk olarak söz verilen sanık Şanlı, savunmasında suçunu kabul ererek, "Olay tarihinde uyuşturucu etkisi altındaydım. İddianamede ne yazıyorsa doğrudur. Savunulacak bir yanım yoktur pişmanım” dedi.