Teftiş Kurulu raporlarının inceleyen İçişleri Bakanı Beşir Atalay, bakanlık müfettişleri tarafından yürütülen soruşturmanın tamamlanmasının ardından Kuşadası"nda iki dönem halinde 10"ar yıl belediye başkanlığı yapan Engin Berberoğlu ve Fuat Akdoğan ile dönemin Fen İşleri Müdürü Ahmet Karacayılmaz ile halen bu görevi sürdüren Müge Bayrak hakkında soruşturma izni verdi. Eski başkanlar ve fen işleri müdürleri bakanlık kararının adil olmadığı gerekçesiyle soruşturma izninin iptali için Danıştay"a başvurdu.
Bilindiği gibi; temeli 1997 yılında Engin Berberoğlu"nun belediye başkanlığı döneminde atılan Kuşadası Değirmendere Mahallesi"ndeki 4328 konutluk Uydukent Toplu Kooperatifleri Birliği inşaatları 1999 yılında Fuat Akdoğan"ın belediye başkanı seçilmesinin ardından durmuştu. Ancak, Nazım imar ve çevre düzeni planına aykırı olduğu ileri sürülen ve yıkım için haklarında mahkeme kararı bulunan Uydukent"te inşaatlar durmasına rağmen yıkım işlemi bir türlü gerçekleşmemişti.
Yapılan şikayet üzerine İçişleri Bakanlığı Teftiş Kurulu"na bağlı müfettişler tarafından yürütülen soruşturma 30 Nisan 2009 tarihinde tamamlandı ve bakanlık müfettişleri Kuşadası"nın eski belediye başkanları Engin Berberoğlu ve Fuat Akdoğan ile eski fen işleri müdürleri Ahmet Karacayılmaz, Bülent Tunçalp, Saadet Erdoğan ve Yıldız Yavuz ile halen bu görevine devam eden Müge Bayrak hakkında ön inceleme başlattı. Teftiş kurulunun raporunu inceleyen İçişleri Bakanlığı, Bakan Beşir Atalay imzasını taşıyan kararda: “ Kuşadası Belediyesi"ne ait 393 ada 96 nolu parselin 1990 tarihli1/25000 ölçekli Kuşadası Çevre Düzeni Planında Büyük Kentsel Ağaçlandırma Alanı olarak düzenlenmesine rağmen 1994 tarihli 1/5000 ölçekli Nazım İmar Planı ve 1/1000 ölçekli uygulama imar planlarında konut alanı olarak belirlendiği ve UYDUKENT kooperatifler birliği bünyesindeki kooperatiflere Belediye adına yapı ruhsatı düzenlenerek alanın yapılaşmaya açıldığı iddası ile ilgili olarak Kuşadası Çiftlik Dağı Mevkii 393 ada 96 nolu parselin Bayındırlık ve İskan Bakanlığınca 06.03.1990 tarihinde onaylanan 1/2500 ölçekli Kuşadası çevre düzeni planına aykırı olarak 1994 tarihli 1/5000 ölçekli Nazım ve 1/1000 ölçeklmi Uygulama İmar Planlarında Toplu Konut Alanı olarak düzenlendiği, böylece 3194 sayılı İmar Kanunu Hükümlerine aykırı olarak alanın yapılaşmaya açılmak suretiyle UYDUKENT bünyesindeki kooperatif inşaatlarıyla ilgili olarak bugüne kadar devam eden ihtilaf ve mağduriyete neden olduğu; ayrıca 1996 yılında düzenlenen yapı ruhsatlarından yapı harcı alınmayarak belediyenin gelir kaybına neden olduğu gerekçesiyle Kuşadası eski Belediye Başkanı Engin Berberoğlu ile eski fen işleri Müdürü Ahmet Karacayılmaz hakkında soruşturma izni verildi. Bakanlık, haklarında ön inceleme yapılan diğer üç eski fen işleri müdürü hakkında ise soruşturmaya gerek olmadığına karar verdi.
Bakan Atalay"ın imzasını taşıyan kararda ayrıca, aynı konu kapsamında Uydukent"teki inşaatların Çevre Düzeni Planına aykırı yapıldığı ve ÇED raporlarının olumsuz sonuçlanması nedeniyle Belediye Encümeni"nin 29.01.2001 tarihli kararlarıyla inşaatlar hakkında ruhsatların iptali ve yıkım kararı olunmasına rağmen kararı uygulamadığı iddiasıyla ilgili olarak ise imar kanununa aykırı davranan, mahkeme ve meclis kararlarını uygulamayan ve ücret almadan yapı ruhsatı keserek belediyeyi zarara uğrattığı belirlenen eski Kuşadası Belediye Başkanı Fuat Akdoğan ile fen ve imar işleri Müdürü Müge Bayrak hakkında da soruşturma izni verildi.
Kuşadası"nın eski belediye başkanları ile fen işleri müdürlerine yargı yolunu açan İçişleri Bakanı Beşir Atalay imzalı karar Kuşadası gündemine bomba gibi düştü. Bakanlık kararıyla ilgili açıklama yapmayan Berberoğlu ve Akdoğan ile fen işleri müdürleri Karacayılmaz ve Bayrak"ın soruşturma izni verilmesinin haksız olduğunu ileri sürerek, bakanlık kararının iptali için Danıştay"a başvurdukları belirlendi.