Radikal, Milli Eğitim Bakanı olduktan sonra, hakkındaki ‘intihal’ iddiası yeniden gündeme gelen Prof. Dr. Ömer Dinçer’le ilgili iki önemli bilgiyi elde etti. Dinçer’in intihal yapmadığı sonucuna varan bir YÖK raporu var. Dinçer’in, intihal iddialarını organize etmekle suçladığı kişi ise emekli Tuğgeneral Levent Ersöz. 
 
YÖK, Erdoğan Teziç döneminde tartışmalı bir karara imza atarak Başbakanlık Müsteşarı olan Ömer Dinçer’e meslekten çıkarma cezası vermişti. Dinçer’in davası Danıştay’da devam ederken YÖK sessiz sedasız bir karar aldı. Radikal’in ele geçirdiği 29 Aralık 2010 tarihli ‘YÖK Müşterek İnceleme Raporu’nda, suçlamalara konu olan ‘İşletme Yönetimi’ ve ‘İşletme Yönetimine Giriş’ isimli iki kitap incelenmiş. Dinçer’in Yard. Doç. Dr. Yahya Fidan ile birlikte kaleme aldığı eserlerle alıntı yapıldığı iddia edilen 13 kitabı karşılaştıran YÖK, toplam 62 sayfayı incelemiş. Her sayfanın sonunda, ‘intihal yoktur’ sonucuna varan YÖK, 14 maddeyle gerekçesini açıklıyor.YÖK’ün raporunda şöyle deniliyor: “Eserlerin genel karakteri itibarıyle bilimsel kurallara uygun olarak hazırlandığı, fakat bazı usul, gösterim biçimi, ifadelendirme yetersizlikleri olduğu, eserin intihal açısından değil, bilimsel yazım ve alıntı yapma kurallarına uyum kalitesi açısından değerlendirilebileceği, iddia edilen konuların intihal kapsamına girmeyeceği sonuç ve kanaatine varılmıştır.” 
 
Başbakanlık Müsteşarlığı döneminde ‘intihal’ yapmakla suçlanan Ömer Dinçer, Milli Eğitim Bakanı olduktan sonra yaptığı açıklamalarda, iddiaları ‘Ergenekon’a bağlamıştı. Dinçer, “Kendini devlet yerine koyanları korumadığım için bunlar başıma geldi. Benimle ilgili operasyonu başlatan, şu an içeride. Ergenekon’dan tutuklu bir paşa. Hem emniyetten, hem MİT’ten bunları doğrulayan belgeler geldi. Belgeler elimde” demişti. Radikal’in ısrarlı sorularına rağmen bu konuya ilişkin yeni bir açıklama yapmayacağını söyleyen Dinçer’in ismini vermediği bu paşanın kim olduğu sonunda belirlendi. Hükümet çevreleri bu ismi, Levent Ersöz olarak açıkladı. 
 
İntihal tartışmaları ve Ergenekon bağlantısına dönük iki öğretim üyesinden de çarpıcı açıklamalar geldi. 10 yıl boyunca Tüm Öğretim Üyeleri Derneği (TÜMÖD) Genel Başkanlığı yapan Prof. Dr. Tahir Hatipoğlu ve genel sekreteri Prof. Dr. Mustafa Sunu, o dönemde Dinçer’le yaptıkları bir görüşmeyi anlattı. Prof. Dr. Hatipoğlu, şunları söyledi: 
 
“Ömer Dinçer’i hayatımda bir kez gördüm. Ona yapılan haksızlıktı. Çalışma Bakanı olduğu dönemde ‘hayırlı olsun’ ziyaretine gittik. Konu ‘intihal’ olayına gelince şunu söyledi: ‘Başbakanlık Müsteşarlığı’ndan uzaklaştırılmam için bana bir organizasyon yapıldı. Bunu yapan paşa şu anda içerde. O paşa, ‘Bunu bitereceksiniz’ diye talimatlar veriyor. O zaman resmi görevde olduğumuz için sustuk. Başbakan da ben de hepsini biliyorduk.” 
Muğla Üniversitesi öğretim üyesi olan Prof. Dr. Mustafa Sunu da, o görüşmede Ömer Dinçer’in kendilerine Başbakan Müsteşarı olduktan sonra MİT ve Emniyet İstihbarat Dairesi’nin gönderdiği bilgi notundan bahsettiğini söyledi. 
Sunu, şöyle konuştu: “Bu olaydan çok üzüntü duymuş. ‘Acı olan şu ki devletin en üst düzey makamlarından birinde oturuyorum. Bütün olayları biliyorum ama elim-kolum bağlı oturuyorum’ demişti.”
Erdoğan’ı da dinlettiği iddia edilmişti Emekli Tuğgeneral Levent Ersöz, Doğu ve Güneydoğu’da ‘Sarı Levent’ ismiyle ün yapmıştı. Şener Eruygur’un komutanlığı döneminde İstihbarat Başkanlığı yapan Ersöz, 
2003-2004 yıllarında en üst düzey gizlilik derecesi olan telefon numaralarını takip ettirmekle suçlanıyor. Ersöz’ün, Başbakan Erdoğan’ı dinlettiği de iddia edilmişti. Ergenekon davası süresince hakkında tutuklama kararı çıkartılan Ersöz, Rusya’ya kaçmış, daha sonra tedavi için geldiği Ankara’da yakalanmıştı.