Ergenekon soruşturmasının başlamasıyla birlikte ülke genelinde meydana gelen terör eylemleri arasında çarpıcı ilişkiler tespit edildi. Ergenekon operasyonlarının 12 Haziran 2007'de Ümraniye'de ele geçirilen bombalarla başlamasıyla birlikte terör örgütü PKK, liderleri Abdullah Öcalan'ın İmralı Cezaevi'nde zehirlendiği yönündeki iddiaları kampanyaya dönüştürerek, teröristbaşının kesinlikle zehirlendiğini savundu.

Aralık 2007'den itibaren azalmaya başlayan araç yakma eylemleri, Ekim 2008'de Ergenekon soruşturması kapsamında emekli paşaların, muvazzaf subayların ve PKK'nın örgütlenmesinde adı geçen zanlıların gözaltına alınmasıyla büyük artış gösterdi. 7 Ocak 2009 tarihinde emekli paşaların, rektörlerin ve akademisyenlerin gözaltına alınmasının ardından yine 16 Ocak 2009'da örgüt militanlarının araç yakma eylemleri gündeme geldi. Ergenekon Soruşturması sürecinde PKK'nın düzenlediği kaos eylemleri;

6 Ekim 2007: Şırnak Beyağaç köyünde 12 vatandaş öldürüldü.

7 Ekim 2007: Şırnak'ta gezici askerî birlik saldırıya uğradı, 13 asker şehit oldu.

3 Ocak 2008: Diyarbakır'da bir dershane önünde meydana gelen patlamada 7 öğrenci hayatını kaybetti.

22 Ocak 2008: 22-27 Ocak arasına İstanbul'da PKK terör örgütü mensuplarınca 6 ilçede 26 araç ateşe verildi.

27 Temmuz 2008: İstanbul Güngören'deki saldırıda 17 kişi öldü.

3 Ekim 2008: PKK terör örgütü mensuplarınca Aktütün Karakolu'na baskın düzenlendi. 17 asker şehit edildi.

9 Ekim 2008: Diyarbakır'da Polis Okulu servis aracı teröristlerin saldırısına uğradı. 5 polis memuru şehit edildi.

26 Ekim 2008: İstanbul'da 27 Ekim-8 Kasım arasında 37 araç yakıldı.

7 Ocak 2009: Ergenekon kapsamında yeni gözaltılar başladı. 10-18 Ocak 2009 tarihleri arasında PKK terör örgütü mensuplarınca İstanbul'da 38 araç yakıldı. (Zaman)