Bakanlık yönetici kadrolarındaki atamalarda yapılan pozitif ayrımcılıkla 4 Mayıs 2009 tarihinde 4 bin 407 olan kadın yönetici sayısı bugün 6 bin 219"a yükseldi. Yatılı İlköğretim Bölge Okulları (YİBO) ve pansiyonlu okullara 300 kadın yönetici atandı. Türkiye"nin ilk kadın Milli Eğitim Bakanı olma unvanına sahip Çubukçu, Türkiye"nin ilk kadın müsteşarı Esengül Civelek"i atamıştı. 12 Eylül 2010 tarihinde yapılan Anayasa değişikliği referandumu sonrasında değiştirilen ve kadınlara yönelik pozitif ayrımcılığın vurgulandığı Anayasa"nın 10"uncu maddesini ilk uygulayanlardan biri de Çubukçu oldu. Çubukçu, değişikliğin ardından YİBO ve pansiyonlu okullara 300 kadın yöneticiyi birden atadı. Çubukçu, Talim ve Terbiye Kurulu"nun boş bulunan iki üyeliğine iki kadın üye Emine Durmaz ve Nihal Coşkun"u, Samsun İl Milli Eğitim Müdürlüğü"ne Hülya Koç"u, Okul Öncesi Eğitim Genel Müdürlüğü"ne Fulya Kocabıyık"ı, Ortaöğretim Genel Müdür Yardımcılığı"na Hande Binnet"i atamıştı.