Aydın Kültür ve Tabiat Varlıkları Bölge Koruma Kurulunun 30 Ocak 2009 tarihinde aldığı 1965 sayılı kararı doğrultusunda, tarihi Güvercinada içerisinde izinsiz yapılan beton eklenti ve uygulamaların yıkımı başladı. Bu arada, bazı yayın organlarında Güvercinada"da gerçekleştirilen çalışmalarla ilgili yanlış ve eksik bilgilerle yapılan “ Tarihin tahrip edildiği “ yönündeki haberlerin gerçek olmadığı ve ilk aşamada yapılan çalışmaların restorasyon öncesi, daha önceden izinsiz şekilde yapılan ve tarihi dokuya zarar veren kaçak eklentilerin kaldırılarak, özgün haline dönüştürülmesine yönelik çalışmalar olduğu ve yapılacak çevre düzenleme çalışmalarına da hazırlık yapıldığı kaydedildi. Güvercinada ile ilgili gerçekdışı haberlerin yayınlanması üzerine Kuşadası Belediyesi tarafından dava açılacağı kaydedildi.
Kuşadası Belediyesi tarafından hazırlatılan rölöve, restitüsyon ve restorasyon projelerinin Aydın Kültür ve Tabiat Varlıkları Bölge Koruma Kurulu tarafından onaylanması nedeniyle, Kuşadası"nın simgesi Güvercinada"nın restore edilerek ada içerisinde açık hava müzesi oluşturulması ve çevre düzenlemesi yapılması amacıyla çalışma başlatıldı. Çevre düzenleme projelerinin de kurulca onaylanabilmesi için öncelikle Güvercinada içerisindeki izinsiz beton kalıntıların kırılması ve kaldırılmasına yönelik çalışmalar başladı. Aydın Kültür ve Tabiat Varlıkları Bölge Koruma Kurulunun kararı doğrultusunda Aydın Müze Müdürlüğü tarafından görevlendirilen iki uzmanın denetiminde başlayan çalışmalar çerçevesinde, Güvercinada içerisinde daha önce yapılmış izinsiz beton uygulamaların yıkımı ve hafriyatın kaldırılması, Kuşadası Belediyesi Yıkım Ekibi tarafından gerçekleştirildi.
Tamamen Aydın Müze Müdürlüğü tarafından görevlendirilen iki uzmanın denetiminde yürütülen çalışmalarda Güvercinada"nın tarihi ve doğal dokusu dokusuna zarar verecek hiçbir uygulama yapılmadığını açıklayan Kuşadası Belediyesi Tarihi Çevre ve Kültür Varlıklarını Koruma Birimi Sorumlusu Mimar Ümit Özkan, “Yapılan işlem, sadece söz konusu kaçak ve izinsiz uygulamaların kaldırılmasıdır. Güvercinada ile ilgili olarak Aydın Kültür ve Tabiat Varlıkları Bölge Koruma Kurulu, 19 Kasım 2009 tarihinde restitüsyon projesini onaylamıştı. Son olarak 28 Ekim 2010 tarihinde ise restorasyon projesi onaylandı. Bu kararlar doğrultusunda çalışmalarımıza başladık. Sur duvarları ve iç kalemiz restore edilecek, ayrıca çevre düzenlemesi yapılacak. Başlayan yıkım ve hafriyat çalışmaları yaklaşık bir ay daha Aydın Müzesi uzmanları denetiminde devam edecek. Yapacağımız açık hava müzesi ve arkeopark"ın Güvercinada"ya ve Kuşadası"na değer katacağına inanıyoruz” dedi.
Bu arada, bazı yayın organlarında Güvercinada"da gerçekleştirilen çalışmalarla ilgili yanlış ve eksik bilgilerle yapılan “ Tarihin tahrip edildiği “ yönündeki haberlerin gerçek olmadığı ve ilk aşamada yapılan çalışmaların restorasyon öncesi, daha önceden izinsiz şekilde yapılan ve tarihi dokuya zarar veren kaçak eklentilerin kaldırılarak, özgün haline dönüştürülmesine yönelik çalışmalar olduğu ve yapılacak çevre düzenleme çalışmalarına da hazırlık yapıldığı kaydedildi. Güvercinada ile ilgili gerçekdışı haberlerin yayınlanması üzerine Kuşadası Belediyesi tarafından dava açılacağı kaydedildi.
Kuşadası Belediyesi tarafından Güvercinada"da yürütülen çalışmalar Aydın Müze Müdürlüğü ekipleri tarafından sürekli olarak denetleniyor. Aydın Müze Müdürü Emin Yener, “ Güvercinada"da yapılan çalışmalar daha önceden yapılan kaçak eklentilerin yıkılmasına yöneliktir ve tarafımızdan kontrol edilmektedir. Burada yapılan çalışmalarla ilgili herhangi bir olumsuzluk söz konusu değildir. Çalışmalar, restorasyon öncesi daha önceden izinsiz şekilde yapılan kaçak eklentilerin yıkılmasından ibarettir. Bu çalışmalar tamamlandıktan sonra çevre düzenleme çalışmalarına başlanacaktır “ dedi. Kuşadası Belediye Başkanı M. Esat Altungün ise Kuşadası"nın simgesi Güvercinada"daki çalışmaların örnek alınması gereken çalışmalar olduğunu belirterek, “ Tüm çalışmalarımız kurul kararı ve müze müdürlüğü denetiminde yapılmaktadır. Bazı basın yayın organlarında çıkan yanlış ve gerçek dışı haberler belediyemize karşı art niyet olan ve kamuoyunca da bilinen bazı basın mensupları tarafından yapılan kasıtlı yayınlarıdır. Bu yayınlarla ilgili hukuken gerekli yargı müracaatlarını yapacağız. Burada yaptığımız çalışmalarla ilgili doğrular, gerek konuyla ilgili belediye mimarımız ve gerekse Aydın Müze Müdürlüğü"nün açıklamalarında mevcuttur” diye konuştu.