Yönetmelik, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nda öngörülen üniversite birimlerinin akademik yönden teşkilatlanması, işleyiş, görev, yetki ve sorumluluklarıyla, ilgili alt birimlerin üst birimlerle olan ilişkilerini düzenliyor.

Yönetmelikte, üniversitelerin bölümleri, fakülte ve yüksekokulların amaç, kapsam ve nitelik yönünden bir bütün oluşturan ve lisans düzeyini de içeren en az bir eğitim-öğretim, bilim ve sanat dalında araştırma ve uygulama yapan birimler olarak tanımlanıyor.
Ancak, tıp, diş hekimliği, eczacılık ve ilahiyat gibi geleneksel olarak lisans düzeyinde bir eğitim-öğretim programı uygulayarak tek tür diploma veren yükseköğretim kurumlarında en çok üç; veteriner fakültelerinde en çok beş, hukuk fakültelerinde özel hukuk ve kamu hukuku olmak üzere iki bölüm kurulabiliyor.
Yönetmelikte yapılan değişiklikle, buna ek olarak lisans düzeyinde birden fazla diploma veren ilahiyat, ilahiyat bilimleri, İslami ilimler, uluslararası İslam ve din bilimleri fakültelerinde üç bölümden fazla bölüm oluşturulabilecek.