Mahkemeye ulaşan bir yazıda Ergenekon soruşturmasını yürüten Zekeriya Öz soruşturma başladıktan 4 ay sonra 5 Ekim 2007'de İstanbul Emniyet Müdürlüğü'ne gönderdiği yazıda Doç. Dr. Necip Hablemitoğlu, Rahip Santora, İsmail Ağa(Bayram Hoca) cinayeti, Danıştay saldırısı, Hrant Dink suikasti, Malatya'daki misyoner cinayeti, misyonerlik davası olarak bilinen dava, Alman Vakıfları davası, İhsan Güven'in öldürülmesi ile ilgili şüphelilerin çeşitli internet sitelerinde yazdıkları yazıları ve yorumların araştırılmasını istedi. Zekeriya Öz ayrıca Hrant Dink'in yargılanması sırasındaki çeşitli olaylardan şüphelilerin katıldığı eylem ve faaliyetler, varsa bu konuda resim, haber, yazı içeriklerinin her olay için ayrı ayrı toplanarak savcılığa gönderilmesini talep etti.

İzmir'de Alsancak Kıraathanesine atılan el bombası sonucu ölen İbrahim Çiftçi'nin Necip Hablemitoğlu cinayetinden gözaltına alınıp alınmadığının ve geçmişteki irtibatlarının da araştırılmasını talep eden Savcı Zekeriya Öz elde edilen belgelerin acele olarak savcılığa gönderilmesini istedi.

Savcı Zekeriya Öz, emniyete gönderdiği 5 Ekim 2007 tarihli yazıda ayrıca Ergenekon soruşturması kapsamında ele geçirilen el bombalarının ekspertiz raporunda belirtilen kafile ve seri numaraları ile irtibatlı 14 ayrı bombanın bulunduğu yerler ve tarihlerde meydana gelen olaylar, toplu yürüyüş ve eylemler hakkında çıkan haber ve resimleri de talep etti. Patlamamış halde bulunan el bombaları ile o tarihlerdeki olaylar arasında irtibat bulunup bulunmadığını, patlamış bulunan bombalar ile patlamamış bulunan bombaların varsa arasındaki benzerlik ve irtibatlarının tespit edilmesi talep etti.
Savcı Zekeriya Öz'ün araştırılmasını talep ettiği cinayetlerden 'Danıştay saldırısı' Ergenekon davasının her iki iddianamesinde de örgütün eylemleri arasında yer aldı. Örgütün üst düzey yöneticileri hakkında bu saldırıdan dolayı ağırlaştırılmış müebbet hapis istenirken Ankara 11 Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen Danıştay davası da Ergenekon davası ile birleştirildi.

Doç. Dr.Necip Hablemitoğlu suikastine ilişkin de Ergenekon soruşturması kapsamında araştırma yapan savcılık Osman Dönmez, Durmuş Anuçin ve diğer şüphelileri yöneltilen iddianın suç yeri Ankara olduğu gerekçesi ile görevsizlik kararı vererek dosyayı Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderdi.