Dönemin TCDD Genel Müdürü İsa Apaydın, iki yardımcısı ile iki daire başkanı ve TCDD Genel Müdürlüğü Trafik ve İstasyon Dairesi Şube Müdürü, TCDD Genel Genel Müdürlüğü 8. Bölge Servis Müdürü Yardımcısı Vekili “şüpheli” yapıldı. Apaydın ve iki yardımcısı hakkında “soruşturma izni” gerektiği için haklarındaki evrak ayırılırken, diğer TCDD yöneticilerinin şüpheli olarak 2 Temmuz tarihinde ifadesi alındı. 13 Aralık 2018 tarihinde meydana gelen kazayla ilgili soruşturmada, makasçı Osman Yıldırım, trafik kontrolörü Emin Ercan Erbey, hareket memuru Sinan Yavuz tutuklanmıştı.

Savcılığın talebiyle akademisyenlerden oluşan bilirkişi heyeti, “Kazanın meydana gelişinde kusuru bulunan kişilerin ve kusur durumlarının” tespit için rapor hazırladı. 25 Haziran tarihli raporda, çok sayıda üst düzey yöneticisinin kusurlu olduğu tespiti yapılınca savcılık soruşturmayı genişletmişti. Bilirkişi raporunda “Ankara -Sincan hızlı tren hattını imalat tamamlanmadan ERTMS/ETCS sistemi gerekleri olmadan işletmeye açığı için TCDD Genel Müdürü İsa Apaydın’ın kusurlu” olduğu tespiti yapılmıştı. “Yeni kurulan trafik yönetim sistemi (özellikle makasların manuel olduğu) daha önce uygulanan bir sistem olmadığı, olası risklerin bilinmemesi ve literatürde karşılığı bulunmaması, sistemin uluslararası düzenlemelerde ve uluslararası demiryolu ağında karşılığı bulunmaması” gerekçesiyle, “TCDD Genel Müdür Yardımcısı Ali İhsan Uygun, TCDD Genel Müdürlüğü Trafik ve İstasyon Dairesi Başkanı Mükerrem Aydoğdu, TCDD Genel Müdürlüğü Trafik ve İstasyon Daire Başkanlığı Şube Müdürü Recep Kutluay kusurludur” denilmişti.