İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı'nın talimatıyla, FETÖ/PDY'nin 15 Temmuz 2016'daki hain darbe girişiminin ardından başlatılan soruşturma kapsamında Ahmet Eldeş gözaltına alındı. Örgütün mahrem imam yapılanması içerisinde yer aldığı öne sürülen şüpheli, sorgusunun ardından sevk edildiği adliyede tutuklanırken, hakkında 'silahlı terör örgütü üyesi olmak' suçundan dava açıldı.   İzmir 17'nci Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen davanın duruşmasına tutuklu sanık Ahmet Eldeş ve avukatı katıldı. Duruşma savcısı, esasa yönelik verdiği mütalaasında sanığın örgütün hiyerarşik yapılanmasında yer aldığını ve FETÖ'nün TSK yapılanmasında mahrem imam olarak görev yaptığını belirterek Eldeş'in üzerine atılı suçtan cezalandırılmasını talep etti. Mütalaadaki suçlamaları kabul etmeyen sanık, beraat ve tahliye talebinde bulundu.   Mahkeme heyeti, sanık Ahmet Eldeş'i 9 yıl 4 ay 15 gün hapis cezasına mahkum ederken, tutukluluk halinin devamına karar vererek duruşmayı bitirdi.