"Balyoz davasında bilirkişilik" yapanlara yönelik açılan davada İstanbul 18. Asliye Ceza Mahkemesi Hakimi olarak görev yapan İlhan Karagöz, duruşma tarihi 23 Eylül 2016 olmasına rağmen, müdahil ve sanık taraf avukatlarının haberi olmadan 4 Temmuz 2016 günü duruşma açarak, davaya ilişkin gerekçeli karar yazdırmıştı. Karagöz, davanın reddedilmesi hükmünü kurduğu 572 sayfalık kararında, FETÖ elebaşı Fetullah Gülen hakkında "mehdi" nitelemesinde bulunmuş, başta Cumhurbaşkanı olmak üzere birçok devlet yetkilisinin gözaltına alınması için Genelkurmay Başkanlığı'nı harekete çağıran ifadeler kullanmıştı.

İlhan Karagöz, 15 Temmuz darbe girişiminden sonra FETÖ iltisakı gerekçesiyle meslekten ihraç edilmiş, tutuklanarak cezaevine gönderilmişti. Hakkında 3 kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istemiyle dava açılan Karagöz, "Anayasal Düzeni Ortadan Kaldırmaya Teşebbüs" suçundan 29 Mayıs 2019'da ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırılmıştı. Yargıtay, İlhan Karagöz'ün "Silahlı terör örgütü üyeliği" suçundan cezalandırılması gerekçesiyle kararı bozmuştu.

YENİDEN YARGILANDI