Soruşturmayı yürüten İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı, bazı kamu görevlilerini de soruşturmaya dâhil etmek istedi. Bu kapsamda dönemin Vali Yardımcısı Ergun Güngör, dönemin İstanbul Emniyet Müdürü Celalettin Cerrah, İstihbarat Şube Müdürü Ahmet İlhan Güler ve altı polis ile hakkında, soruşturma izni verilmesi için İstanbul Valiliği'ne başvurdu. İçişleri Bakanlığı tarafından atanan mülkiye müfettişinin izin verilmemesi yönünde kanaat bildirmesi üzerine, valilik soruşturma için istenilen izin talebini reddetti. Valiliğin iznini reddetmesi üzerine İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı konu ile ilgili takipsizlik kararı verdi. Dink ailesi avukatları ise bu karara itiraz etti. İtirazı değerlendiren Bakırköy 8. Ağır Ceza Mahkemesi, takipsizlik kararının kaldırılmasına hükmetti. Kararda, Dink'in ölümüne ilişkin AİHM kararında, kamu görevlileri hakkında etkin soruşturma yürütülmediğinin saptandığı ve 4. Yargı Paketi'ne göre de bu durumda yeniden soruşturma açılabileceği ifade edildi. Kararda, "Madde ve ihlal kararı içeriği birlikte değerlendirildiğinde; bağlayıcı olan ihlalin yerine getirilmesinin ancak Cumhuriyet Başsavcılığınca doğrudan soruşturma yapılması ile mümkün olacağı anlaşılmaktadır. Aksinin kabulü halinde soruşturma bakımından kısır bir döngünün ortaya çıkacağı tartışmasızdır" ifadelerine yer verildi.

Haklarındaki takipsizlik kararı kaldırılan isimler şöyle ise; dönemin Vali Yardımcısı Ergun Güngör, dönemin İstanbul Emniyet Müdürü Celalettin Cerrah, İstihbarat Şube Müdürü Ahmet İlhan Güler, İstanbul emniyetindeki görevliler Bülent Köksal, İbrahim Pala, İbrahim Şevki Eldivan, Volkan Altunbulak, Bahadır Tekin, Özcan Özkan.