Eski Yargıtay Savcısı Ahmet Gündel: Özel yetkili mahkemelerde yasalara ilişkin bir sorun söz konusu değil. Eğer mahkemelerle ilgili bir sorun varsa bu uygulamaya ilişkin bir sorundur. Mahkemelerde hakim ve savcıların yaptığı işlemlerle ilgili sorunların çözüm mercii HSYK'dır. Ülkemiz yıllardan beri terörle mücadele etmektedir. Şu an Ergenekon, Balyoz gibi davalar yürütülüyor. Bu davalar kapsamlı dosyalardan oluşuyor ve ihtisas isteyen davalar. Özel yetkili mahkemeleri kaldırdığınızda bu dosyalar normal mahkemelere gidecek. Normal mahkemelerdeki hakimler ve savcılar bu davalara vâkıf olmadıkları için ve bu davalar uzmanlık gerektiren davalar olduğu için yargılamalar daha da uzayacaktır.
Eski Cumhuriyet Başsavcısı Reşat Petek: Özel yetkili mahkemelerde savcıların elini kuvvetlendiren en önemli konu CMK 251. madde. Kişinin makamı ve konumu ne olursa olsun herkes hakkında soruşturma başlatılabiliyor. Bunun izne tabi tutulması halinde davaların yürütülmesinde aksaklıklar doğar. Ergenekon, Balyoz gibi davalarda suç işleyenlerin büyük kısmı bu ülkede önemli görevlerde bulunan kimseler. Bu kişilerin yargılanmasının izne bağlanması ciddi sıkıntılar meydana getirir. Ergenekon ve Balyoz gibi davalarda yargılananlar hakkında şu ana kadar hiçbir disiplin soruşturması başlatılmamış. Disiplin soruşturması başlatmayan makamların yargılama izni verecekleri düşünülemez.
Emekli Savcı Gültekin Avcı: Özel yetkili mahkemelerin sadece silahlı terör örgütü suçlarına bakmasını öngörmesi özel yetkili mahkemelerin içini boşaltmaktadır. Çünkü bir örgütün silahlı mı silahsız mı olduğu hemen tespit edilmiyor. Silahlı olup olmadığı uzun zaman alabiliyor. Bunun bu şekilde düzenlenmesi örgütlere delil karartma imkânı verir. Çünkü özel yetkili hakimler kolay kolay özel yetkili olmuyor. Normal bir örgütün silahlı mı silahsız mı olduğu uzmanlık ve tecrübe isteyen bir durumdur. Terör örgütleri bölgesel olarak teşkilatlanır ve hareket ederler. Özel yetkili mahkemelerde bölgesel hakimiyetlerin kaldırılması yargılamanın bütünlüğü bozmaya yol açacak. İllerde birbirinden habersiz savcılar bir şey yapmaya kalkacak ve yargılama hiçbir zaman amacına ulaşamayacak. Hükümetin bu konu hakkında bu şekilde değişiklik yapması intihara teşebbüstür. Hükümet bir felakete doğru giderken arkasından mağdur halkı da sürüklemektedir. Bu değişikliklerin altında siyasi amaç yatmaktadır.
