Futbol hayatına 11 yaşında Köprülüspor’da başlayan Muhammed Ali Şeşen ilk yılında 22 asistle ikinci yılında 25 asistle asist kralı oldu. 2 yıl Köprülüspor’da mücadele eden Muhammed Ali Şeşen daha sonra Aydınspor 1923 spor kulübünün yolunu tuttu. Daha sonra tekrar eski kulübü Köprülüspor’a giden Muhammet Ali Şeşen Aydınspor’un kendisini 2. Kez istemesiyle tekrar Aydınspor’un yolunu tuttu. Aydınspor kulübünde sezon içinde oynanan 34 maçın tamamında oynayan Ali Şeşen burada gösterdiği başarılı performansla, 2'nci Lig Kırmızı Grup ekibi Menemen Belediyespor tarafından transfer edildi. Muhammet Ali Şeşen, imza töreninin ardından takımının kamp yaptığı Bolu Abant kampına katılmak üzere yola çıktı.