Ergenekon soruşturması kapsamında cezaevinde 11 gün tutuklu kaldıktan sonra tahliye edilen ve dava kapsamında hala tutuksuz sanık olarak yargılanan Engin Aydın, Ankara"daki evinde geçirdiği kalp krizi sonucu hayatını kaybetti. Engin Aydın, 7 Ocak 2009"da Ergenkon soruşturmasının 10. dalgasında aralarında Eski YÖK Başkanı Kemal Gürüz, eski MGK Sekreteri Tuncer Kılınç, eski Genelkurmay Adli Müşaviri Erdal Yenel, emekli Org. Kemal Yavuz, yazar Yalçın Küçük ve eski Özel Harekât Daire Başkan Vekili İbrahim Şahin de bulunduğu 37 kişi ile birlikte gözaltına alındı, 11 Ocak 2009"da tutuklanarak cezaevine gönderildi. Ancak Aydın ile Yalçın Küçük"ün avukatlarının tutukluluğa yaptığı itiraz üzerine Aydın ve Küçük 11 gün tutuklu kaldıkları Silivri Cezaevi"nden tahliye edildi.

Aydın, Ergenekon soruşturması kapsamında hazırlanan 3. iddianamede de sanık olarak yer aldı. Aydın"ın “silahlı terör örgütüne üye olmak” suçundan 7.5 yıldan 15 yıla kadar hapsi istendi. Aydın hala aynı dava kapsamında tutuksuz sanık olarak yargılanıyordu. Engin Aydın"ın iddianamede örgüt toplantısı olarak nitelendirilen "Kent Otel" toplantılarının sekreterliğini yaptığı iddia ediliyordu. Bu toplantılara Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu (HSYK) üyesi Ali Fuat Ertosun"un da 13 kez katıldığı iddia edilmişti. Operasyondan önce Bağımsız Cumhuriyet Partisi Genel Başkan Yardımcısı olan Aydın, tahliye edildikten sonra yapılan kongrede Genel Başkan Yardımcılığı"na adaylığını koymadı. Aydın bu kurultayda parti meclisi üyesi seçildi. Akciğer kanserine yakalandığı öğrenilen ve uzun süredir kemoterapi tedavisi gören Aydın"ın önceki Ankara"daki gün evinde geçirdiği kalp krizi soncu hayatını kaybetti. Aydın"ın cenazesinin bugün Kocatepe Camii"nde öğle namazının ardından kılınacak cenaze namazından sonra toprağa verilecek.