İlk olarak 6 Ocak 2000 tarihinde yapılan ve 30 Ekim 2003'te değiştirilen Protokol, geçen zaman süreci içinde gerçekleştirilen kanun değişikliklerine uyum sağlanması ve yaşanan birtakım aksaklıkların giderilmesi için Adalet, İçişleri ve Sağlık Bakanlıklarının ortak çalışmasıyla yeniden düzenlendi.
Buna göre protokol, son mevzuata uygun hale getirildi, güncelliğini yitiren ve uygulanabilirliği kalmayan hükümler çıkarıldı. Hastane sevkleri mevcut mevzuata uygun olarak yeniden düzenlendi.
"Hastane hükümlü koğuşu ve servisi" tanımı yapılarak hükümlü koğuşu bulunmayan hastanelerde tespit ve yeni hükümlü koğuşu yapılması için komisyon oluşturuldu.
Hükümlü ve tutukluların muayenelerinde güvenliğin ve hasta mahremiyetinin sağlanması yeniden düzenlendi. Yeni düzenlemeye göre, hastanelerde bu kişilerin muayenesinin muhafazalı odalarda yapılması kural haline getirildi. Muhafazalı odalara muayene sırasında doktorun güvenlik istemesi haricinde jandarma içeriye giremeyecek.